URL limpias en .htaccess y aun así proteger un subdirectorio

Si usa URL limpias (aptas para SEO) y además quiere proteger una carpeta, esto es lo que debe colocar en el archivo .htaccess de la carpeta /public_html. En este ejemplo, todo lo que no existe se redirige a index.php. La línea con 401.shtml es importante para el directorio protegido. 401 es el código de autorización obligatoria (Authorization required) y debe interceptarse para que funcione.

#SEO modification
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond $1 !^(401.shtml)
RewriteRule ^(.*)$ index.php [L,QSA]